あくまでも私見です。

メーカーに寄りますが、扉のみの交換は、ほぼ簡単に対応可能と思います。
それが、枠との取合いで・・・であれば、「慣れ」に期待するかも？
当初だけ、違和感を感じる？だけであれば、長期的には「慣れ」るでしょう。

全交換に抵抗があるのであれば、
扉、枠部分に「ダイノック」シートを貼る？方法もあります。
施工業者の負担で行われる工事であれば、こちらで受ける可能性もあるかも知れません。比較検討して、こちらの方が少し、リーズナブルかも知れないと思われます。

施工的なところで言うと、色間違えをしちゃった場合なんですが、やはりお客様のご希望の色のものに全交換するのが基本なのではないでしょうか。間違っちゃったんですから。そりゃ、お引き渡し後となればまた養生からやり直さなくちゃいけませんし、新築の時のようなただ付けるだけじゃなく、外してから付ける必要もありますし、外したものの処分代もかかります。新しいキッチンの製品代もかかります。正直、初めに間違えてなかった時と比べると２倍以上の費用がかかります。でもだからといって交換しなくていいよねってなったら色を選べるとは言えません。こだわりを持ったものであったのならば交換してもらうべきです。

>>扉柄を変えるには天板からなにからを全てはずして施工し直す必要があり、それの作業を行うとクロスやフロアに傷がついたり、弱くなってしまう可能性がある。また、キッチンにも歪みが発生してしまう可能性がある

その通り、まずお引っ越し前ならば良いですが、お引っ越し後であったなら中に入れた荷物も全て出して、通り道はがっちり養生をし、まず天板をはずし、下の箱を外します。設備の配管やガス管なども一度全て外します。オーダーキッチンか何かなのでしょうか？通常の一般的なキッチン（ほとんどのオーダーキッチンでも）「天井やフローリング、壁、天板に接着されている」ってことはないと思います。ビスを外せば簡単に外れます。壁際の部分はコーキングが打ってありますが、キッチンパネルなどであれば割ときれいに外れると思います。普通ならクロスは天井くらいしか絡みません。これも丁寧に外せば傷などつきません。扉だけ交換ならともかく、「枠？」を交換するとのことですが、キッチン本体を交換すると言うことだと思います。箱ごと新しくするのだから歪みなど無関係と思います。再利用するのは水洗金具や食洗機、ガスコンロなどの機器だけだと思います。交換はお客様にとっては何も損することはないと思います。強いて言えばその交換工事をするのに、お引き渡し後で立会いをしなければならないとなると、おそらく段取りよくやっても丸1日〜2日ほどにわたって工事がかかるためちょっとストレスですが。

１番は交換してもらうこと。傷や歪みができたらそれも直してもらうこと。

他に例えばお金で解決とか他のものをサービスしてもらうことでご納得ができるのであれば、キッチン代＋施工代＋処分代＋傷などつけるリスク以内の範囲内でお得な対応が期待できるかもしれませんが。