昔のマンション設計では、ポンプ室の上の居室は沢山あります。
従って、ポンプの運転音がうるさいといったクレームも多くありました。
身体への影響もあると思いますが、個人差、音の大きさによると思います。
うるさいので対策を講じて静かにした事例は沢山ありますが、身体への影響というトラブル事例は余り聞いておりません。
音が気になるようでしたら、騒音測定をして貰って、対策を講じて頂いたらいかがでしょうか。

低周波、高周波、電磁波等の影響もあるでしょうが、これによるトラブル事例にいても、あまり聞いておりません。

２０年近く前に、同様の騒音トラブル事例の相談者が、電気の技術者であったので、電話で確認しました。

この影響は「絶対ない」とは言えず、個人差が大きいことと、発生源からの距離の影響が大きいとの事でした。
簡単に言えば、パソコンや携帯電話のほうが、人体との距離が近い分影響が大きいそうです。
稀に携帯電話機で体調を崩す方もあるようです。

又、給水設備のポンプにインバーターを使っている場合は、電磁波の発生もありますが、１９８８年築のマンションでは、使っていない場合は発生は少ないとの事です。給水設備の改修工事を行ってインバーターを使っているかも調べてください。

ともあれ、過去のトラブル事例からは問題ないと思いますが、ポンプ室から離れた住戸は沢山ありますので、ご心配なら転居させたらいかがでしょうか。