>基礎の保護材の高さが足りないことから是正工事をする際、
>写真のような鉄筋露出を発見しました。

あくまで、写真で見る限りですが、
鉄筋の露出？ではない気がしますが・・・・
そうであったとすれば,その周辺が、大きく鉄筋のかぶり厚が足りないことになります。それで、「必要が無い」という回答になる事は無く、写真のように、モルタルを塗ったことで「保護材」という表現もあり得ません。

おそらく、お気にされている「サビ」は、型枠を付けたときのセパ等の金物のサビで、表面上の物だけで心配にはお及ばない。と、おもわれ、
さらに「保護材」と呼ばれるモルタルが、ＧＬ（周辺の土地の高さ）に届いていなかった、あるいは、ＧＬが下がって露出した。ではないでしょうか？

>そもそも保護材の高さ不足がサビの進行を早めた可能性もあるため納得できません。
>正しい補修方法、対応方を教えてほしいです。

私の推測が正しければ、サビの進行の問題は無いと思われ、そのまま、モルタルを塗ってＯＫではないでしょうか？
もし、お気になさるのであれば、モルタル塗りの前に市販のサビ止めスプレーを吹き付けてから・・・で、充分な物と考えます。