アンカーボルトの主な役割は、地震の際に基礎コンクリートと土台から上の木部がズレないようにする事です。だるま落としで下をコンと叩くと、ズレてしまいますね。あのイメージで宜しいかと。ただ、1本でも上から串が刺さっていると、ちょっとやそっとではズレない。そういう事です。

となると、実際のところ、お写真で拝見した程度のズレでは、ほぼなんの影響もない、、というのが、私の見解です。無論、影響が「0」ですとは言いませんが、とはいうものの、その影響の程度を、どう判断するか？少なくとも私の知る限り、オフィシャルな計算式などは無いと思います。

極端な話、ズレ止めの為に、鉄筋が刺さっていれば良いので、大事なのは基礎ごとに何本のアンカーボルトがあるか？ですね。これも、通常の木造住宅レベルであれば、一般的な仕様通りに入っていれば、充分です(そのための仕様規定です)。許容応力度計算で行う場合も、基本は本数のチェックのみ行います。

むしろ、妙ないじり方をしてコンクリートを傷めたり(補修するにせよ)、土台を切り刻んだりする方が弊害は大きいのでは？と考えます。ニキビを取るのにメスで切開して縫い目を残すのは如何なものでしょうか？

とはいえ、漠然とした不安はあるでしょうから、ズレたアンカーはそのままにして、不安のあるアンカーの近隣で柱などと干渉しない位置に、ケミカルアンカーなどを追加して貰ってはいかがですか？

工学的には以上ですが、これを「基礎をやり直せ」みたいなお話にしてしまうと、間違いなく紛糾するでしょうし、是非論・筋論はともかく、建て主にとって、結果としてあまり得策にはならないように思いますよ。