>２年前に建てた家ですが、土台に穴をあけてパネルヒーターの配管を倒している状態になっています。位置は外壁に面した箇所になります。

工事の流れで、土台に穴を開けることは、いくつかあることです。
パネルヒーターの配管の径がどの程度か？に依りますが、おおむね、心配ないと思われます。

>土台は構造上重要な役目を果たしているのかなと思っているのですが

土台は、たしかに構造上重要な箇所です。
その役割は、基礎にしっかりと緊結されること。上階の重量を負担し、基礎に伝えること。となります。
もし、開けた穴が小さく、また、大きな力がかかる「柱の真下」などで無いとすれば、土台が負担した重量での問題は無いと思われます。
上階の「梁」などであれば、下側に「切り込み」とか「穴」などの問題は、問題視される場合もあるでしょう。反して「土台」の場合は、下に基礎がある場合が多く、あまり問題視されない事も多いと思います。

いかんせん、写真等がなく、個々にあわせてジャッジする事は困難です。
おそらく、御心配には及ばないモノと推測されると思うと言うことです。

土台は建築基準法上は「構造体力上主要な部分」と位置付けられています。なので重要は重要なのです。問題は「そういう施工が問題があるかないか？」が検証されているかどうかです。
土台に限らず柱や梁もそうなのですが、場合によっては度々そういった検証の手間を省くために、どういう条件の時に貫通をいくつまでよいことにしよう、となんらかの根拠をもとにルールを作っている会社もあります。ルールがあるかないかが結構大切です。ルールなしで現場判断にしてしまうと、職人の中には効率重視で最短距離を貫通してしまう場合もあります。

構造もそうなのですが、外部に面した面とのことなので、雨仕舞いもきちんとしているかの確認が必要です。基礎部や外壁空洞部分の貫通と違い、土台部分の貫通部から漏水した場合、土台が傷めば修繕が大変です。貫通部の点検、メンテナンスはより重要になってきます。