>その隙間などに入った雨が今後悪さをするのではないかと心配しています。
>今後、すぐではないと思いますが、数年後くらいの早い段階で胴縁が腐食したりサイディングが反ったりカビが生えたりなど心配です。乾ききれない部分は少なからずあると思うのです。

もちろん「可能性ゼロ」では無いと思われます。
台風といえども、ある意味「短期間」の水分です。量的に少ないとは言えませんが・・・
短期間という以上、木材に「染み込む」と言うほどの影響は通常はありません。
たとえば、川や池などの水面と接する部分、いつも濡れたり乾いたり、水に接したり離れたりを「長期間」繰り返すようなシチュエーションを想定すると、「確実に」腐ります。
台風が半年くらい毎週来て、「乾く暇も無い・・・」のような状態を想定し、でもしなければ、問題は無いと思われます。
サイディングの木口にしても、同様です。
要は、染み込むほど濡れず、乾いたらその後は乾燥を維持できる。
と言う想定であれば、考えすぎることは無いと思われます。
シビアになりすぎ、乾燥を妨げる何かをする方が影響が大きいという可能性すら考えられます。

「サイディングの間」がサイディングと透湿防水紙の間を言っているのであれば、ここは通気そうと言って耐えず空気の流れるところなので常に乾燥が進んでいきご心配に及びません。サイディングとサイディングの間の目地部分を言っているのであれば、サイディングの切り口は雨などで水が染みてしまいます。この部分は最後にコーキングを打つ際に乾いていれば大丈夫です。もしここが乾いていない状態でコーキングを施工すると、おっしゃる通り数年でコーキングとサイディングが離れて隙間が空いてきます。そうなればそうなった時に無償で直してもらうだけです。これは台風の有無以外にもプライマーの施工具合などいろいろな原因で発生はします。

台風自体で何か悪さをするとすれば、透湿防水紙の破損や足場による外壁の損傷などではないでしょうか。これらは台風後にしっかり現場確認が必要です。

サイディングの裏面は撥水処理されているので、水が染みてしまう可能性があるのは切り口だけです。
後からサイディングが反ってしまうことに対しては極端な反りにはメーカー保証がありますが、台風が原因となるっていうのはあまり想像ができません。毎日気温も高くこの暑さなので、濡れてもすぐに乾いてしまうと思います。