何かの誤解をされているように思います。
もしくは、私が質問の意味を誤解しているのでしょうか？

まず、一枚目の写真での木材(合板）は、型枠、コンクリートのせき板です。
それに鉄筋を通す必要があり、その部分が、「穴」とか、木材などでの詰め物がされるわけです。
施工上、無いわけには行かないモノばかりです。
また、その精度も必ずしも「ぴったり」と・・・という事には行かないこともありますので、打設時のコンクリートのはみ出し、型枠の膨れ等は、多かれ少なかれ生じることではあります。
その部位により、許される範囲での、そのような事は起こりえます。

二枚目の写真では、型枠を外したあと、穴塞ぎにした型枠か詰め物が残っている状況と考えられます。
これを撤去するには、はみ出たコンクリートの「斫り作業」が伴い、工程的に後回しにされたモノと推測します。
おそらくですが、この部分の今後の納まりによりますが、(このまま土に埋まるなど）重要な部分で無ければともかくも、
多かれ少なかれの斫りと共に残った型枠の撤去、モルタル等による、全面的名表面補修などがされることと考えます。

現場の責任者などに、今後の工程を含めて聞いてみて、疑問は解決しておくに越したことはありません。彼らも嫌がらないで説明してくれると思います。