>これは、あり得ないことだと思っています。工務店に補修要求してよい案件でしょうか？

「あり得ない」とまで思われ、要求されることは、「気になさるのであれば、ご勝手に。」という感じですね。
ただ、それで、必ずしも施工者の気持ちが、丸く収まるとは思いませんが・・・

あくまで、写真を見ての話です、
引戸の場合は、戸車、吊り金物などで調整は可能と思われます。
もし、調整限界でなければ、すぐにでも調整して終わりです。
UBの場合は、難渋を示すと思います。強く言えば、何かしらの対策を考えるでしょう。ただ、根本的に何をする事もできない。「付け焼き刃で終わり。」の可能性を考えます。
たとえば、「気になるんなら、コーキングでもして、目立たなく。。。」のように。

写真ではわかりませんが、それが、致命的な(気密、水密にに影響する）、施工忘れ、施工不備であれば、別で、すぐにでも何かをすべきですし、施工者もなにがしかの対策をすぐにすると思われます。

ありえるかありえないかで言えばあり得るんですが、
原因によると思うんですよね。

建具（開き戸や引き戸）の下に隙間ができる要因として、主にふたつあると思うんですが、ひとつは床の仕上げ材を後施工する際に始めからその仕上げ材の厚み分を浮かせて建て具枠を取り付けし、後からその隙間に床仕上げ材を差し込むという施工をした場合、その浮かし加減を間違うと隙間が開きます。たいるけいの仕上げ材だとそんなやり方をします。
もうひとつは単純に床が凸凹だったり水平じゃない場合。引き戸だと特に床が斜めになっているところに斜めなりにつけてしまうと、程度によっては調整では仕切れないくらい歪みが出てくるかもしれません。左右で高さがちがうのは、リノベーションさんが思うようにたてぐわくの取り付けに不備があるか、もしくは上記のように建て具枠は正確に付いてるんですが、床の水平が悪い場合だと思います。

今回、フルリノベーションということで床も全解体してやり直しているのでしょうか。工事前後の床下地と床の仕上げ材がどのように変わったかで難易度が変わるんですが、床の精度が悪い場合に下地調整を行う予定にしていない場合、もしくはそういう費用をはじめに見ていないとそういう工事は省略されがちです。

たてくわくの施工が悪いかどうかは枠の内側の寸法を上中下測って見て比べてみます。次に床のレールから上枠までの高さを左右真ん中測って比べてみます。最後に少し難しいですが、枠の斜めをにほうこう測って比べてみます。形がそんなに狂ってなければ床が悪いと思います。工事の内容として床下時をいじっている費用があるのであれば、床の施工が悪いともんくはいえるのではないでしょうか。床は壊したりしてなくて、そのままクッションフロアだけ張り替えましたっていうと、床の精度は元からなので、あまり文句は言いづらいかもしれません。

隙間をコーキングで埋めるだけとかは見栄えも悪いですしすぐに汚れてしまうので、そんなんで良いのかよく考えた方が良いと思います。高い費用を払って工事を頼んでいると思うので思ったことは言った方が良いと思いますよ。施工者の気持ちがおさまるとかおさまらないとかは考えなくて大丈夫です。