長期優良住宅でなくともフラット３５Sの認定は取れます。これは間違いないです。

長期優良住宅の「おすみつき」をもらえば、「支出」が増えるだけではありません。「収入」が増えたり「支出」が抑えられます。

ローン減税などの恩恵、地震保険の割引（耐震等級により２〜３割引き）、まだ本年度分が発表になっていませんが、国交省から「木のいえ事業」に認定されれば、１００〜１２０万円のキャッシュが貰えます。仮に１０数年後、お宅を売却するような事があれば、その査定額も大きく変わってくるはずです（未来の事なので、、、推測ですが）

そのあたりのメリットを説明しないのは、正直、長期優良住宅に関しての知識不足か、何か長期優良住宅をやりたくない理由があるのか？いづれにしても、誠意的とは思えません。仮に３６万円の支出増で済むのであれば充分おつりが来るでしょう。。加えて、「いい家」になるのですから、お客様のためには、、、、、と考えるのであれば、答えははっきりしています。

念のため、、、「確認申請」と「長期優良住宅認定申請」は全く別の法律に基づく仕組みです。直接的になんら関係がありません。

また、フラットは「着工後」でも認定可能ですが、「長期優良住宅」は認定されてからの着工になります。逆に言えば、着工してしまうと「長期優良住宅の認定」は取れなくなります。

「確認申請」「長期優良住宅申請」を行い両方の認定を貰ってから、着工、その後フラットの申請、、、というのが一般的な流れです。

斉藤さんと栃木さんの回答で長期優良住宅とフラット３５（ローン制度）とは区別して考えるべき事が判ったと思われます。

フラット35は特別に金利特例の無いローンです。
フラット３５S（１０）は一定の基準を満たすと10年間のローン金利が1％安くなります。
またフラット３５ｓ（２０）は一定基準と長期優良住宅を組み合わせた場合、20年間１％ローン金利優遇が受けられます。

またフラット３５ｓと長期優良住宅を組み合わせる事によって、ローン残高付き販売ができるなどの特典があります。
いずれも相応のイニシャルコストは掛りますが長期優良住宅は、資産価値を深める要素として思慮すべきでしょう。