>先日自宅の建築現場を見に行った際、外壁のALCパネルの柄が一部注文したものと別のものになってました。
>施工業者に連絡したのですが、「宜しければ張替えさせてください」との対応でした。

文面から推測する限りは、まだ、間に合うかと思います。
ALCのパネルはたしかにビスで留まっているわけですが、ビスに過ぎませんし、それを外すことで、他の部材への影響は微々たる物と考えます。
ただし、それ以外の行程が進むにつれ、影響は大きくなるでしょう。

>家は完成していて、間もなく引き渡しという段階です。
>影響も微々たるものと言うことは多少は影響出て来るという認識で良さそうですかね…
>やはり家の耐久性を考えるとやり直さないほうが良いのでしょうかね…

完成しているとすれば、その張替の部位に寄りますが、
・外部足場の掛け払い
・周辺の窓などの開口部、その他の養生、支障になる物の撤去・復旧
・張替対象の部材に施工されているコーキングの撤去
・同じく部材の撤去、それに伴う、塗装の部分撤去等
・張替前に撤去後部分の清掃、下地の補修など
・新規部材を張る。
･コーキング・乾燥後に塗装工事
という流れになります。

この時、悪いと考えられる影響があるとすれば、
･養生をするとは言え、多かれ少なかれの「キズ・汚れ・ホコリの侵入」
･撤去後の周辺の部材などに、穴・破れ等の存在
･柱・間柱などに残る「ビス穴」
・張替後、コーキングが乾燥し塗装までの期間、数日から１週間程度かも
･塗装における、張替部とその他部分の色違いの可能性
･工事期間の「美観的」な悪化
と考えられます。

このうち、おそらく御心配されるのは、
･撤去後の周辺の部材などに、穴・破れ等の存在
･柱・間柱などに残る「ビス穴」
ここだと思いますが、
外壁を剥がしたことによる損傷としては、
・通気層をもうけていた場合（ＡＬＣの場合は無い場合もあるようです）、それのビス穴と考えられますが、その悪い影響は皆無でしょう。折れていると言うことでも無ければ、再使用は充分に可能です。
･通気防水シート(タイベック）が張られているはずです。これが、破れてしまう、大きめの穴(ビス穴より大きな）が開いてしまうかもしれません。
これは、気密テープなどを貼って対処可能です。
・内部の断熱材は、おそらく損傷する可能性は限りなく無いと思われます。
･柱、間柱についたビス穴は、それを心配するほどの影響は、実は及ぼしません。一度、端材などにビスを打ってみてくだされば、理解できると思いますが、たとえば径が2mmのビスを使用したとして、木材には2mmの穴が残ってはいないはずです。逆に唇を閉じるかのように、塞がっているかのような形状になっているのを見られると思います。
たとえば、誤って端に打ち過ぎ、裂けた。とか、であれば、その時は、正常な位置に打ち直せば良いことですし、それが大きければ、それを補強するように部材を足せば良いのです。
この裂ける。ということは、間柱などでは起こりうる可能性がある事ではありますが、同じように隣に補強材を付けてあげれば良いことです。

長々と説明しましたが、完成してしまっているので、せっかくできあがった部分を解体するという影響が多くなる。
決して構造の根幹に影響が及ぶ。ということでは無い。ということを言いたいのですが、ご理解できますでしょうか？

詳しくは別に回答があるので控えますが、ALCの張り替えにおいて、何か構造的な心配は基本しなくて良いと思います。施工時に気をつけなくてはならないのは張り替えをするためにALCを剥がすのですが、その際、防水紙の破損が内容務めて破損があった場合は漏れなく補修をするというくらいです。
見た目の部分で言うとALCは基本補修材での補修が安易なのと現場塗装なので、多少のことなら補修でわからなくなると思いますし、グランロックなどALC用の塗料であれば現場調色はないと思うので色違いもまずないと思います。
コーキングの養生は要注意できちんと固まってから塗装をしないと、コーキング部分の塗装が剥がれたり割れます。そのために足場をかけると思うので養生期間を取らずにすぐ吹付塗装をしたくなりますが、そこの養生期間は十分とった方が良いので日程を決める上では念押ししておいた方が良いでしょう。あとは引き渡し期日との相談です。引き渡し期日をとるか、パネルの柄をとるかの選択になりそうです。構造の心配は過剰にする必要はないと思います。