>これはそうゆう仕様なのでしょうか??

あえて、このようにしているわけでは無いと思われます。
他の部分との兼ね合い・取合いの関係で、この形状が採用されているではないでしょうか？
水抜の穴、一つのしても、大きければ流れは速いでしょう。けれども、引戸のレールとしての「強度」は犠牲にされます。
実際にその部分でレールが破断し、修理の依頼を受けた経験はございます。
水がすみやかに流れない。にしても、水があのスペースでは、表面張力の影響を強く受けていることを否定は出来ないと思います。乾くような早さでの排水は可能でしょうか？
水がたまる。これが、どの程度の時間で無くなるかも考慮すべきと考えます。
ユニット室内が乾燥しているのに、レール部分がいつまでも、水がある。
という現状であれば、施工者、メーカーに相談が必要な案件と考えます。
様子見、あるいは、もう少々の鷹揚な考え方が必要なのでは無いでしょうか？

各メーカーの排水口に対して一つ一つ詳しいわけではないのですが、入り口部分をバリアフリーにして段差をなくすことが当たり前の昨今において、水勾配のみで湯水を排水することはかなり難しいです。が、翌朝お風呂の床がまだ濡れていたりするとカビも生えてしまいますし気持ち悪いですよね。そこで各社いろいろな工夫をしているんですが、毛細管現象を利用した排水方法が年代よってはあります。水が穴や隙間に近づくと毛細管現象によってスッと吸い込むれるイメージです。そういったタイプですと穴の部分にプラスチックの部品がついていたり、靴ズリ部分自体にカバーが元々ついていて、その下を水が流れるといった仕組みのものもあります。こういった場合、その部分の部品を外したり、汚れたりすると極端に流れが悪くなるケースがあります。元々何か部品がついていたことはないでしょうか？
個人的に思うのが、お写真に写っている黒い部分、元々何か上に被っていて見えなかったのでは？見えるなら同じ白いデザインになりそうです。三つ穴のようになっているすぐ上に細い溝がありますが、そこに引っ掛けて靴ズリ状の部品が乗るタイプであれば黒い部分は隠れていたはずなのと、もしくは三つ穴部分に樹脂部品がついていた可能性があると思います。おそらく扉の上の方にメーカーの品番とメンテナンス先が記載されていると思うので問い合わせてみると話が早いと思います。