気に障りましたら、申し訳ありませんが、
最初に「不信」ありき。な気がするのですが？
それでは、対等な立場での「デスカッション」対話に元ずく「相談」が出来ません。よね？

業者側の落ち度があることは、仕方の無いことと考えます。
それと同時に、業者から見て、「お客様だと思って、知りもしないで好き勝手言って？！」が、有りそうな気がします。

お互いに「押し」も「引き」も有っての、交渉・相談なのかと考えました。

「説明もなく内容を変更されている」ということはハウスメーカー側に落ち度はあれど、お施主真側には何も落ち度はありません。もしも、落ち度があったとすればそれは、契約書類、図面やその他仕様書など、工事前に作成された設計図書にどうなるかわからない箇所がないかどうか、希望する仕様が全て記載されているか、確認せずに工事を行わせた場合、それは施主側にも落ち度があると言えます。全ては難しいかもしれませんがお任せにならないように勉強して把握する努力が必要だと思います。それを前提に冷静に一つ一つ対処していけば良いと思います。

>>腰壁にキッチンカウンターを勝手につけている。

いるかいらないかはっきり明確にし、図面を訂正してもらってください。その際、その変更による差額は必ず事前提示してもらってください。変更を実施する際は施工前に変更契約書を交わしてください。

>>屋根に乗せる雪除け材を変更している。

その変更が許容できるかまず判断してください。在庫状況や同等品への変更はよくありますが、わざと高価なものを無断でつけていた場合、その差額は支払う必要はないと思います。

>>室内のコートラインの素材を変更している。

こちらも上記と一緒です。

>>「こちらのほうがいいと思って変更しました」

これは単純に「ありがとうございます」案件と思うのですが、もちろん事前に見積提示のないものは支払う必要はないかと。

見積だけでなく、図面や仕様書もいただいてください。それをできる限りチェックしてください。まだ「着工前」のようなので間に合います。

>>土地を購入する時点で土地の値引きが100万→50万にしかならなかった際に営業の方から〜〜

建物の契約がまだならそれにサインをしないという交渉もできますし、そこは譲って他でサービスをって交渉もできます。上記の望んでない追加金額を先方も譲らないのなら100％要望通りではないですが、50万を引く代わりに追加分は支払わないという交渉もできます。

>>ハウスメーカー本社の方に相談はしようと思います。

これはしたほうが良いと思います。

>>見積もりに関してはこちらが気づかないところにまだ説明のない何かがあるとしか思えず。

見積だけでなく必ずそれとリンクする図面仕様書をもらって日にちをかけて確認してください。数回に分けて納得いくまで説明をしてもらってください。

良い家が建つことを祈っております。