>2列×フローリング3枚、等間隔で6か所の飛び出しを確認しています。
>フローリングの下には床暖房をつけており、
>施工時にはその施行がうまくいかず、引き渡しが遅れたこともありました。

以上の話を総合して推測すると、
通常の施工では、フローリングの実（さね）の部分に「忍び」の状態で釘止めするでしょう。
今回の場合、下に「床暖のパネル」、あるいは「配管」が有るため、その施工がむずかしかった。あるいは部分的にそれを行えなかった。と考えます。

で、フロアの表面から、接着剤と併用して「ピンネール」という釘をエア工具で打ち込んだと思われます。
この釘は見ての通り、細く、頭が無いもので、打ち込んでも見だたないモノで、最近はいろいろな場面で、よく使われる事がありますね。
この時に、エア圧が弱かった、あるいは、下地に「節」などの固いモノがあり、完全に打ち込めず、頭が出ていたのでしょう。

対策ですが、打込み不足の原因が、エアの不足等の場合は、
「出る釘は打たれる」よろしく・・・打ち込めば解決です。
この時に、釘締めなどで、周辺のフローリング表面に影響を与えない打込に注意すべきでしょうね。施工者の方で打込をさせてもいいと思います。
下地が固くて入りが足りない場合は、
ハンマーなどで叩いて、入らない場合は短く切っってしまい、表面に残って出る少々の部分を、釘締めなどで注意深く、打ち込むことでしょうか？
飛び出し部分を、工具でつかむことが出来るのであれば、
工具でつかみ、フローリングに当て木などでキズ防止をした上で「てこ」の容量でこじって引き抜けば、良いと思います。

いずれにしても、築1年ということであれば、
施工者に連絡して、上の対処をさせれば良いと思われます。