うなり音、きしみ音、・・・あまりいい気持ちではないとは、思います。

あまり、気にしなくても、良いと思います。

　まず、ひねり金物　ですが、
　最近こそ、必ずのように、使っていますが、昔は無かったものです。
基本的な使い方は、外周というか、確認された状態のもので、問題ないですよ。
　逆に、最近は金物を使うせいか、「口脇」を取らなくなりました。
母屋など横架材の切り欠きのことです。
　もちろん、両方やるに越したことはないのでしょうが？

　周囲以外のひねり金物は、義務的なものではないと、思いますよ。
もちろん、相応のご予算を提示できるのなら、手間も資材も惜しみませんがね。

　音の問題ですが、
　極端に問題視はいらないと思います。
風が強ければ、どこでも、そんな音もしますし、

　そもそも、家は生きています。動いて当たり前。
と言っていると、また、語弊を生じますが、
　未来永劫　動かないものではないですし、
　呼吸もしないで、死んでるような「家」は、かえって長持ちはしません。

　昔から、「人がいれば、家はつぶれない」と言われているのは、なぜなのでしょう？
　現実的に、どんなに「あばらや」であろうと、人が住む限りは、つぶれないものです。が、人がいなくなったら、てきめんに「棟が落ちます」

　「家と会話する」くらいの考えと、愛情をもって、考えてみませんか？
強い風できしんでいたら、「ああ、がんばって、耐えていてくれてるんだ！」と思いましょうよ。
　

ひねり金物については竹沢さんの回答でなされています。

異音については、様々な要因が思慮されます。
建築2年ほどで発生した異音の場合、留め金を締め付けているボールトのナット緩みが要因の場合が多くあります。

屋根裏に入って束柱や桁を締めているボールト・ナットが木材の乾燥で緩んでくると、一方からの強風で軋み音が発生する場合があります。
場合によっては指先でナットが回るまで緩んでいる事があります。
その事で家が壊れる事はありませんが、異音だけではなく雨漏りの要因となる場合もあります。

手の届く範囲だけでも再度締め付けを行うか、加締め金物などで対処する方法があります。チェックしてみてください。

　今ひとつ「状況」にピンとこない部分を残しますが、
あくまで、一般論の範ちゅうで。

　周辺以外に「ひねり金物」ですが、必要ない。とは、言いませんが、
重要ではないと思います。（周辺に、問題無く使ってある限りは）
　「気休め」よりは、お金をかけたことに対する「効果」は期待できます。
ただ、全体的に見たときの、（完成したものに手をつける工事代金も考えて）
　それを行っての、金銭対効果は、疑問です。（新築時に予算をかけて、ならまた、別な考えですが）

　福地さんのアドバイスの「金物」の確認の方が確実な効果が期待できるように、私は考えます。

　申し訳ありません。現場の確認なしで、一般論に推移しますが、よろしく。