>1枚目の写真のこのような穴は何でしょうか？
>下面と側面の繋ぎ目の箇所が気泡なのかぼこぼことしていて小さな穴のように見え

コンクリートの打ち継ぎ・・・ですが、
「こんなもの」というと、ことばが悪いですが、・・・施工限界かと感じます。
気になさるのであれば、施工者と相談してモルタルを上塗りすること。だと思いますが、有償での対応と考えるべきと考えられます。

>今後シロアリなどの被害に影響がないか不安に感じております。

無いことではない・・・でしょうが、
申し訳ないことに、その件は実際に経験がないため、詳しい方の回答を私も待ちたいと考えます。

気泡ですが、基礎をコンクリートを打つ際にどうしてもきほうが抜けきれずに中で溜まってしまいそれが表側に出てきてしまって知る状態です。
既製品のような擁壁などは出ていることは少ないかと思いますが、基本的には出ています。
その後基礎幅木を塗り隠すような感じになるはずですので、今の所は気にしなくて大丈夫かと思います。
念のために確認ですが、担当営業の方に最終的には基礎幅木は塗りますよね？
どんな仕上げになる予定ですか？と聞いてみるのも良いかと思います。
どんな家でも基礎幅木を塗るのできれいに見えていますが、中身は同じ状態が多いかと思われます。

ぴょんきち様のフォローをありがとうございます。

ぴょんきち様の言われているところと、私の意図との違いがあるようですので補足します。
ぴょんきち様の言われる、施工者がわでの「モルタル塗り」は、おそらく、地盤から上になると思います。その部分は特別なことが無ければ、当初の施工範囲に含まれているものと思われます。
私が言っている有償対応のモルタル塗りは、
地盤から下、基礎とベースの打ち継ぎの部分です。
ここの穴などが不安要素だったり、そこからのシロアリの侵入が不安ということのようですので、有償になると思われますが、モルタルを塗ったら、いかがでしょう？という提案です。

>1枚目の写真のこのような穴は何でしょうか？

１枚目の一番深い穴はセパレーターと言って、コンクリートを床部分と立ち上がり部分に分けて打つ際に、先に打った床部分に取り付けて立ち上がり部分の枠を支える金属の部材になります。基礎が出来上がった際にパキン通ってしまうのでこのように穴のようになります。よくみると金属のようなものが見えます。これは最後に基礎巾木をモルタルで塗って完了です。最後にモルタルで仕上げない場合はこのようなセパレーターでなく丸いものをつかうので、最後仕上げが入ると思います。

>下面と側面の繋ぎ目の箇所が気泡なのかぼこぼことしていて小さな穴のように見え
これは床面の上に立ち上がりを打つ際にバイブレーターをかけてコンクリートを振動させ隅々までコンクリートを流動させるのですが、あまり振動を長くやりすぎるとコンクリート中の砂利などが沈み過ぎて配合が偏ってしまいます。なので適度な加減をするのですが、まーちょうどいいくらいなのかなと思います。

シロアリに関しては絶対ないとは言い切れませんが、基本的に床部分と立ち上がり部分のコンクリートは一体ではないものの隙間はほぼないに等しいと思います。それよりも、配管部分などの隙間を最後にしっかり埋めることの方が重要です。