写真を見る限りですが、私も原因不明だと思います。

>床下は濡れてはいませんでしたが風通しが良い感じではありませんでした。

これだけ、気になりました。
床下の環境は、「乾燥」させることを条件にする必要があり、その温度環境は、外気温と同じことが理想とされます。
床下の施工を再確認する必要があるかもしれません。
ただし、気温が高い場合、その含有している「水分」は、床下がその温度より低くなっている場合、そこに含有できる分は少なくなります。
要は少し湿気た感じを与えるでしょう、

「風通しが悪い感じ」は、基礎周辺を見渡し、「床下換気口」を確認ください。
そこが「閉まって」いることはいけません。開けてください。
そこが開いているにも関わらず、風通しが不足する感覚であれば、
基礎の配置を確認する必要があると思われます。平面プランで換気口から空気が出入りしたとして、「空気がよどむ」部分が無いか？見てみましょう。

それらをクリアしてもなお・・・ということであれば、
床下の土は、乾燥しているでしょうか？
地下水の水位は？
床下は、土の上に「ポリフィルム」等で防湿されていますか？
その他、現場を見ていない状態では、原因と対策は絞れません。
さしあたり、先に言ったいくつかの点を確認してみてください。

床下からの水分が原因で、床合板を貫通してCF裏にカビが生えたのだとすると、床下は相当湿気っていて、床下にもカビが生えていると思いますが、床下の状況はカビ臭かったりするのでしょうか？特に床下断熱であれば、床下断熱材と合板裏の間など、真っ黒になるはずです。そうなのだとしたら、よく換気をして消毒をする必要があると思います、そうしないと再発します。

床下がそこまでじゃなかったとすると、床上の問題で、CFを張る前に合板上で水分があり、材料か荷物を置いていたために乾かずかびてしまった。そのまま除菌をせずにCFを施工したとすると、CF裏のみカビているということも考えられその場合は、きちんと除菌した上でCFのみ張り替えることも有りなのかなと思います。

洗面所の床を張り替えるというのは結構大変でお客様にもご迷惑をかけてしまうことになるので躊躇してしまう気持ちはわかります。本当にどこまで張り替える必要があるのか、客観的な判断が必要になります。