もともと出窓だったところを打合せ段階で私共の希望で横滑り出し窓に変更になったのですが、今回現地を確認すると出窓仕様になっていて営業の方が言うには「建築確認のため一旦これにしてますが、修正します。」とのことでした。この手順は必要なんでしょうか？

こちらに関してですが、恐らく申請関係の問題でそうしているかもしれないですね！
窓の変更は出来ますが、変更する際に図面の変更もしないといけないので、間に合わない。そのため変更前ので申請しその後にやり替える。のかと思います。
申請などで日数が掛かる為先に変更などの申請をしてしまうと職人さんの手を止めてしまい工期が伸びてしまう。
↑推測になります。

ボルトの穴がどれぐらいなのか分かりませんが、
そこまで大きくない場合はそこまで気にすることは無いかと思います。

写真３についてですが、隙間は多少あるものです。
正直ピッタリしているという事はないです。
１ｃｍぐらい空いてても問題ありません。
なぜ隙間があるのかは予想ではありますが、
木の伸縮などを考慮し多少の隙間を作っているのかもしれないですね。

出窓→縦滑り窓の変更のタイミングによるかもしれないんですが、この変更で窓の面積や高さが変わって来ると採光計算が合わなくなる可能性があります。その場合、そのまま施工していても計画変更や軽微な変更の手続きで行けるはずです。なので、この手順は無駄な手順だと思います。
ただ現場は出窓の形まで下地を施工しています。これは変更がわかっていればどうせ壊すものをわざわざ施工しないと思うので、単純に現場に変更が伝わっていない可能性があります。営業が言い訳として「建築確認のため」といっているのがまず一案。
それかこの変更によって採光計算が取れなくなるけど変更を受けているのが二つ目の可能性です。その場合、このままで窓を作って完了検査まで受けてから、外壁を壊してやり直すことになるんですが、これは２階もあるとなると結構費用がかかってくるので、一案目が濃厚なのかなと思います。
どちらにしても、この変更のタイミング時にすでに基礎工事が始まってるくらいのタイミングでしたら、プレカットの変更は難しくなってきてることもあるので、穴は空いてきちゃってるのかも知れないですね。出窓の金物のための穴くらいは深刻な問題にはならないと思います。

床板の隙間は斜めの筋交部分の納まりですが、筋交を合板の上に乗せる施工と、筋交を先に施工して床合板を入れる施工とあるのですが、今回は後者で施工しているようですね。角が丸くなっているのでプレカット工場でカットされています。このプレカット工場では筋交からはこのくらい隙間を開けるのが設定のようです。雑ではないんですが気流が発生する可能性のある場合は何かしらの隙間を埋める施工が望ましいですが、温暖な地域ですとそこまでやらないことも多いです。