おそらく、問題はないでしょう。としか言えないのですが・・・
じゃあ、「保証はできるのか？」と言われて、「はい！」という業者もいないと考えられます。

まず、この錆の塊？はセパの仲間、型枠の足元を固める用途の金物だと推測します。ですので、これが大きな何かをもたらすことは無いと考えられます。
アリの侵入・・・なども、「おそらく」無いと思われます。
これが基礎幅にわたる幅で施工されていることも無いし、コンクリ内部でトンネルになっているほどの大きな部材ではありません。
まかり間違えて、「あった」とすれば、それの主因は別のところにあったと想像されます。
さびのこれ以上の進行も、問題ないでしょう。と考えます。
この金物と、内部の鉄筋とのつながりはないはずですし、あえてつなぐことをする部材でもありません。

アップすぎて全体像が少しわかりにくいのですが、セパレーターの中でも基礎の1番下、捨てコンクリートに付けたセパレーターなのではないでしょうか？そうだとすると、打ち継ぎなどに使われるセパレーターと違って基礎の中に入っているわけではないので、そもそも鉄筋などとの絡みも考えられず基礎の外ってことになるので心配なさそうですが、外周部の根入れ部分だとすると建物の周りの埋め戻しが行われていないのではないでしょうか？きちんと建物の周囲が埋め戻されて整地されていますか？

埋め戻し・・・されているに越したことは無いと思います。
されていない。するのが困難・・・な場合、提案にすぎませんが、この金具を撤去できればする。あるいは、さび止め塗装をしたらいかがでしょう？
撤去は、バールなどで煽ってみて、取れてくるか？取れなければ、サンダーなどで切る、あるいはタガネなどで切り取ることは可能と考えます。
ホームセンターなどで「さび止めスプレー」を購入、おそらく一缶で間に合うと思います。

お話をまとめると、当初ご心配されていたセパレーターと思われる物体の錆に関しては、特に構造とは無関係に思いますので、何かしら対処をする必要性っていうのはないのかなと思います。ただ見た目の問題ですね。

「捨てコン自体、雑に流されているように見えます」っていう件については、そもそも捨てコンというのは基礎コンクリートを打設するための位置出しの墨を出したり枠を設置するために仮に打たれるコンクリートなので最後には埋められて見えなくなります。なので綺麗に打つって意識がないと思います。なのでこんなもんと言えばこんなもんです。

隣地境界がこの面だけ狭いんですかね。加えて隣地の高さが低い。そのために埋め戻しをしなかったのだと思います。何かすぐに支障が起こる心配はないと思います。

埋め戻しをしていない状態ですと、問題が二つあります。ひとつは埋め戻しをして基礎が埋まっている状態。この時に埋まっている深さを「根入れ深さ」というのですが、じゃあ根入れは何のために必要かというと、建物の横ずれや倒壊を予防します。残りの３方向は根入れがとれているようなので心配要素は軽そうですね。ただこう言った機能的問題があります。
もう一つは法的な問題です。建築基準法の告示で確か１２c m以上とか２４cm以上といった根入れに対する基準があります。それを満たしていません。それから建物の高さを算出する過程で基礎高が計算されます。地面から基礎がいくつあるかっていう数値ですね。それが建築確認申請通りになっていないのと思われるで、通常だと完了検査が通りません。それから根入れ深さが一定を確保されていないことは凍結深度などの観点から建物の耐久性が下がることもあります。これも基準法に規定されています。

↑すぐに何かしなくちゃいけないって状況ではないですが、あんまり軽い問題でもないと思います。

隣地境界が狭くて、地盤が低い時にどうすればいいの？という観点で考えると、深基礎にすれば良かったと思います。これは今からだとできません。ステコンを全て壊して、十分根入れをとってブロックを積むのがグレイな対処方法です。一番良いのは隣地と合わせて、設計の地盤まで土を上げることだと思います。

施工というよりは設計の問題かと思います。

>露出した捨てコンの上に直にブロックが積まれている？

ブロック積みはコンクリートの基礎から鉄筋を出してブロック内に配筋をしないと倒壊してしまいます。捨てコンは基礎ではなくただのコンクリートの塊ですからあまり好ましくはないですが、写真から見ると、ブロックの端が少し捨てコンに乗ってるだけでさすがに４段積みのフェンスをつけてて配筋してると思うんですが。。

埋め戻しがされているかどうかに関しては、確認申請図の立面図を確認すると、基礎高が幾つに設定されているかがわかりますので、それと現状を見比べて図面通りになっていなければ是正を御依頼しても良いと思います。まだ一年以内のようなので早いうちに声を上げた方が良いと思います。

ブロックのイメージはだいたいおっしゃる通りと思いますが、「本来の根入れ深さ」というのはブロックが基礎の代わりになるわけではないのでちょっと言い回しが違っていて、おそらくなんですが、基礎高は地面から４０cmにすることが多くあります。なので、逆に基礎天端から４０cm下がったところに地面があるのが正解なんですが、もっと土が低いと思います。なので土を上げるのが本来ですが上げれない場合に、土の代わりにブロックを置くというイメージです。基礎天端から４０cm下がり以下でブロックを積み、ブロックの根入れは隣地の地面の高さよりさらに深く根入れがとれるように施工します。