灰汁なのか錆なのかは判りかねます。また、基礎完成後3か月雨ざらし、、云々もさほど気にする必要は無いと思います。おそらく、配管廻りに止水処置が無いので、外部に面する基礎ではなく、いわゆる、我々が言う所の「中布」かと思います。

さて、気になる点幾つか。

1つは、灰汁であろうと錆であろうと、どこかから水が差しているのは間違いありません。今後、この錆色の形跡が大きく広がるようであれば、そもそも、その水がどこから差してきているのかが気になりますね。

2つ目は、クラックの入り方です。おそらくこれは、基礎の縦筋のかぶり不足ではなく、配管の穴(スリーブといいます)の周辺に補強筋が無いのでは？と想像します。

取りあえず、ちょっと様子を見て、錆色の形跡が拡がるようであれば、水の侵入経路を調べた方が良いでしょう。また、クラックの巾が拡がるようであれば、地盤の問題、基礎の鉄筋の問題等々、ちょっと検討要素が増えます。

まずは、この状況を、工務店さんと共有し、変化を注視してみてください