>明らかにクラックの隙間から漏れているので、鉄筋の錆ではないのかと思っています。

可能性は否定しません。業者の言う「灰汁」である可能性ももちろんあります。その場合は「鉄筋」ではなく、「型枠」によるものでしょう。
最悪の可能性を考えると、「鉄筋のかぶり」と言われる、鉄筋に対するコンクリートの厚みが不足している可能性を否定しません。
ただし、必ずしも？という気がするのと、
この後、この部分がどういう形態になるかにより、その対応、考え方が変わると思われ、
外壁面であり、このまま表面の仕上げ（モルタル塗りなど）がなされないとすると、原因を探り、それにより相応の対策が必要になるかもしれません。
内部の間仕切りなどの基礎であれば、さしあたりはシビアに考える必要はないかと考えられます。