こんにちは。
※写真がない為返答が間違っている可能性があります。
基礎の天端から錆という事で間違いないでしょうか？
その場合は恐らくアンカーの鉄筋からの錆と思います。
多少の錆については問題ないと考えていますが、錆が無い方がもちろん良いです。（見た目も含めて）
基礎の立ち上がりに錆が垂れている場合上から塗ると思うので、基本的には隠れると思います。
その際に錆をあらかじめ落とすとより今後出てにくくなるのでより良いと思います。
また躯体の方から錆が出ているとすれば、釘やビスからの錆の可能性があるので、よろしくはないですね。
躯体内に貰い錆が出てくる可能性や、釘のゆるみなどが出てくることも考えられます。

基礎の天端ということになると、サビではなく、木のアクかもしれませんね。釘やビスは、サッシがついて防水工事が終われば濡れることはまずないので乾いてしまいます。外壁通気の胴縁などは完成後も敷けることはあるので、スギなどを使っていたらアクは出やすいかもしれません。