>上棟前に見に行ったらほぞ穴から木口にかけて割れがありました。
>このほぞ穴に今後柱を建てるとさらに割れてしまうのではないか、強度は問題ないのか不安があります。（写真1.2枚目）

あんまり綺麗じゃないですが、乾燥収縮による割れなので致し方がないかもしれません。柱を立てるとさらに少し開いてしまうかもしれませんが、柱はボルトにHD金物を取り付けることにより抜けにくくするので、土台がこれ以上割れないようにビスかコーチボルトで押さえた方が良さそうです。構造っていうよりも土台が開くと外壁が変形してしまうので。

>また、横から見ると長いボルトに歪みがあり、墨も直角でなく、斜めに打たれています。見た感じではボルトの位置がズレており無理にはめ込んだのではないかと思ってしまいます。（３枚目）

基礎工事の際にボルトが真っ直ぐにならずに大工さんが土台を敷くときにトンカチでトントンボルトを直すっていうのはよくある光景です。墨を斜めに打ってボルトを斜めに「無理に」入れているように見えますが、まぁその通りですね。工事も人が進めるものですので「ミス」はあります。そのミスをカバーするべく、「台直し」という作業をして大工さんがボルトの位置を修正してくれたようです。これをしないとボルトと柱が重なってしまうのでしょう。

>また、土台の角は腰掛けあり継ぎだと思うのですが、凹凸の嵌っているところに斜めにビスが三本打ってありました。（写真なし）

何も支障はないと思います。より強固に土台が浮かないようにしてくれたのでしょう。蟻の一部が欠けてしまってビスでくっつけたのかもしれませんが大きな問題はなさそうです。