>新築でマンションを購入しました。
>床暖房のある部屋の床の波打ちが気になっており
>正常であると言われました

「マンション」ですよね？
それ以前は、どのような住宅にお住まいでしたか？
例えば、「一戸建て木造の住宅」、あるいは「木造のアパート」などであったとした場合は、新たな家の床は「波打ち」は感じるかもしれませんね。
木造の一般的な床の場合
垂木などを使用した木下地　ー　合板などでフロアの下地　ー　木質のフローリング材　このような形態と考えられます。
このうち「フローリング材」は、12ｍｍくらいの厚さの合板で表面に化粧板を貼った物です。
では、普通のマンションの場合は？
鉄筋コンクリートの床スラブに「防音フロア」を直貼り。とかが多いのではないでしょうか？「ＯＡフロア」などのような「中空の床」にフローリング張りということもあるのでしょうか？
ただ、ここで使用される「防音フロア」にしろ「フローリング」にしろ、（下階への防音のため）数ミリの「緩衝材」を含んで12ｍｍ程度の床を形成してるものを使用していると思われます。
この二者の違いですが、前者は比較的平滑であり、また表面の衝撃の吸収度合いは極端に少ないものです。
簡単に言うと「踏んでもへこまない」。
かたやはというと、裏の緩衝材のため、直貼りゆえに下地の不陸（凸凹）を拾いやすく、また表面の柔らかさゆえに、表面の平滑は取りづらく、文字通り「踏んだらへこむ」床になります。

必ずしも、「あり」様の住宅が問題が皆無であるかどうかはともかくも、
多かれ少なかれの波打ちは「許容範囲」かもしれません。