断面二次モーメント(曲げ剛性)の確保
座面の面積確保(耐荷重確保)

計算の実務者の立場から申し上げれば、何をご心配になっているのか、判りかねております。
普通の方が、使うような用語ではないので、おそらく、色々とお調べになった上でのご懸念とは思いますが。。。

アンカーボルトの設計検討を行う場合、基本は地震力(剪断力)に対する検討は行いますが、曲げに対する検討というのは、どんな状態で何が曲がる想定をされているのでしょうか？
また、座面の耐荷重となると、どんな想定なのか、全く、私には想像できません。

2階建ての場合、確認申請に計算書が添付されていない可能性が大ですが、３階建てであれば、許容応力度計算の計算書が副本に添付されているかと思いますので、その中に「アンカーボルトの検討」というページが1?2枚あるかと思います。原則的には、そこに指示のあるボルトと、その本数さえ確保できていれば、たいがいは、相当の余力が確保できているはずです。

雑駁な物言いで、申し訳ありませんが、お写真の状態であれば、構造の安定性については、全く問題ない許容範囲と思いますよ。ただ、「理想状態」ではないという意味でご心配なら、補強として、近隣に後打ちアンカーを追加してもらってください。変ないじり方はされない方が宜しいかと思います。

ご心配の旨は理解いたしました。確かに計算の前提は、土台の欠損80％程度としています。

許容応力度計算をされているのか不明ですし、それを仔細に拝見しないと、なんとも申し上げられないので、一般的なお話として。

ご心配当該柱でホールダウン型の引き抜き金物を使用していれば、そもそも土台に影響しませんので、全く心配しなくて宜しいかと。プレート型の引き金物を使用しているのであれば、改修用のホールダウン金物が市販されていますので、それを補強として追加してもらってください。20ｋN程度で充分ではないかと思います。

誤　土台の欠損80％程度
正　土台の欠損20％程度

失礼しました