>木造ツーバイフォー工法の2階建てアパート
>強い風が吹くと、このような構造の建物でも少し揺れることはありますか？

最初に聞いて良いでしょうか？
「建物は、絶対に揺れないことが『必要』でしょうか？」
そのように思っていらっしゃるのであれば、「お考えを改めることをお勧めします」

「柳に雪折れなし」と、言われています。
特に「木造」などは、多かれ少なかれ「揺れ」ています。
それで、地震などでの揺れを受け流している面があるのです。
平時でも、雪の重さなどの「荷重」は、各部材が軋んだり、変形などすることにより、耐えている面があります。
「少し揺れる」ことは、当たり前にあります。という回答になります。

ただし、これも個々で「程度」の問題があります。
本当に「揺れすぎ」に感じるのであれば、
お近くの「建築士会」「ホームインスペクション」などにご相談をされることを、おすすめしておきます。