>?引き渡し前にカビの発生があっても、こちらには報告しないのは普通のことで問題無いのでしょうか。

お客様と、施工業者との見解の差があると思われますが、
施工者としては、「報告に値しないレベル」と判断したのではないでしょうか？

>?今後、カビが広がった場合、除去する費用は10年間は住宅瑕疵担保責任の保険、それ以降は自己負担ということになるのでしょうか。

カビが広がる前提での話のようですが、
そもそもが、適正な施工がされていれば、必要な「乾燥状態」が維持され、カビの繁殖は必ずしも広がりは無いと思われます。
施工後、カビの繁殖が広がるようであれば、そもそもの施工が「おかしい」ことになるでしょう。
「カビが広がる」前提ではなく、「乾燥状態の維持」に注目することをお勧めします。

>?引き渡し前にカビが発生していたということで、施工中に問題があった場合、なんらか工務店に責任を取ってもらうことはできないでしょうか。

引渡し前のカビの程度によりますが、
適正な施工されていると仮定すると、乾燥状態が維持され、カビは消える方向に進むと考えられます。
基本的な住宅の性能面で問題があり、カビが繁殖するのであれば、施工者側で相応の責任を持たざるを得ないでしょう。
逆に「住宅の維持管理」の面で、要は「住まい方」の点で、おかしなことをして、カビを増やすことをしなければです。

>?床の合板だけでなく、柱の木がカビることもありますか？工事中に土台の木材が一部、雨ざらしになっており、そこに上棟されたので柱も心配です。すでに壁の中に埋まっていて、見ることができないのですが、柱がカビることもありますか？

施工中の雨などの影響は防ぎきれません。
かと言ってそれが、施工後いつまでも悪影響を及ぼし続けるとは考えられません。正直言って「杞憂」で悩むのは止めましょうよ。
必要な施工が、適正に行われている限りは、柱がかびる、壁がかびるは恐れなくてよいと考えられると思います。
あくまで、適正な施工、最低限必要な施工がされている。という前提ですが。

>?床下を見たところ添付写真のようになっておりました。これはカビでしょうか、それともカビ除去の跡なのでしょうか。

問題ないものと考えます。床下は特に「乾燥状態」を要求されている箇所です。乾燥状態が維持されている。という限りは、消えることはあれ、繁殖する広がることは無いと考えます。

お写真を拝見すると基礎断熱後方のようなので、施工中に床下がカビることはあると思います。床を伏せて換気設備が稼働するまでの間はカビる可能性があります。基礎断熱の場合、床下を直接外部と通気を取っていないと思いますので、床下と床上の空気の動きがどうなっているのか？、機械的な換気設備がついているかを確認ください。その辺が有効に働いていれば乾いていく方向に進んでいくと思います。

カビに関して直接10年の補償はないと思いますが、その湿気によって部材の腐敗など構造的な問題が起きた場合は施工会社の責任が問われます。その辺の進行が今後どうなっていくのかが重要です。

お写真はカビじゃなくて、床を張る前の汚れか水の跡だと思います。