>新居を譲渡され

細かいことですが、「譲渡」されたのですか？「引き渡し」を受けたのではなくて？ですか。

>このような場合泣き寝入りするしかないのでしょうか？

泣き寝入りはしたくはないですが？？？
状況を自分なりに考えてみると、
元請け業者が、半年で倒産、
もしかしてですが、下請けとして多大の損害を受けている可能性を否定しません。
要は、倒産により請負金額を受け取っていない。・・であれば、進んでクレームに対処することは考えないでしょう。
同じく、元請け業者が倒産を見据えて、手っ取り早く施工費の回収を優先し、下請けの意向やアドバイスなどを無視し、後でクレームが出るであろう施工を強行した。・・これであったとすれば、「だから、言ったんだ！」という気持ちでしょうから、下請けとしては動きずらいでしょう。

>正直その施工業者へ対する不信感もかなりあります。

本当に、下請負業者の技術力、スキルが低かったためのクレームであれば、甘んじて受けるべきですし、強めに言って再施工、修繕させるべきと考えますし、他の技術力の高い業者に任せ、金額だけの話を進めることもできないことではないと考えます。
が、これとて、順調に進み、希望に沿う解決とはなり得ない可能性があると思われます。
出るとこ出て、解決を目指す・・・も、不可能ではないと思われます。が、
倒産した元請けとの関係性で、積極的に動けないとすれば、なおさら、ことは紛糾するでしょうね、キット。
かけたものに対するリターンが、ご希望通りになるとも、限らないと考えます。

現実に修繕するとして、実際にどうすれば最善か？は、
配管の経路図とか、実際の現場を確認する必要があると思います。
管路が、土間コンの下にあるのであれば、斫って施工するか？
他のルートに迂回させることができるのか？
一番、わかっているのは、おそらく、くだんの下請業者でしょう。
おそらく、大きな何かが無い限りは、長い期間のお付き合いになることでしょうから、賢く業者を使う？うまく立ち回って、喜んで動く関係を構築するように、気遣うことをお勧めします。

>施工業者：広島県呉市にある＊＊工業

これはこのような場所での書き込みとして、お勧めしません。

下水の検査が通っていないのかも知れませんね。
下水の埋設配管の勾配がとれていないのは、水道業者さんの施工不備の可能性もありますが、施工はきちんとしていたけれど、肯定的にす交互に重機がその上を通る様な工事をすることによって下がってしまうって事もあるので、必ずしも水道業者さんの責任ではないかも知れないですね。直すにはコンクリートをめくる必要がありそうです。