>また水切り下にする場合
>何cmくらい下の方が良いのでしょうか？
>水切りから落ちた水が跳ねて通風孔に入ってしまう等が心配ではあります。

図面とか、現場とかを見ながら検討をしたいと思います。
そもそもが、くだんのデッキには、雨だれ、落雪等はあるのか？無いのかでも変わってきます。
差があまりなくとも、雨だれが無い、当たるのは降ってきた雨だけ。
ということであれば、さしあたりは問題は少ないでしょう。
雨だれが２階の屋根から落ちる。落雪はある程度の積雪量がある。
というのであれば、跳ねるだけでなく、凍結や融雪に対する注意も必要と考えられます。
お考えのプランを、できうる限り、図面なり画像なりでお聞かせいただければ、考える上の足掛かりになると思います。