あくまでも、現場を詳細に確認したうえでは無いことを、お断りして、

>柱に欠け切りを入れて建具を入れやすくするとハウスメーカーさんにきいてますが何故かバスユニット出入口の柱の切り込みに横の木材がピッタリ入っていません。

現場を見ていない状況ですが、この部分の、ご指摘の部材には、強度的に問題となる力はかからないと考えられます。
もしくは、見えていない部分で、なにがしかの補強施工がされているのではないか？と思われます。

>バスユニット周りは防音目的なので問題無いとの事でしたが断熱性に影響無いでしょうか？

確かにユニットバスの周辺は断熱目的とは限らない場合があります。
「必ずしも」ではありませんので、確認しておく必要はあるとは、思われます。
下部
　階下が無い、床下になっているなどの場合は、しっかりと「断熱」がいります。床面と壁面の接続部は特に注意が必要です。「途切れないように・・・」
壁面
　外壁に面している面は必ず必要です。
天井
　上階が無い場合、天井になっている場合などは、断熱が必要です。
ここでも、壁と天井の断熱が「途切れない」ようにしなければなりません。
例えば、ＵＢ部分は平屋でも、隣のスペースは上階があるなどの場合、
ＵＢの天井の断熱材と、上階の壁の断熱とが、ここも途切れることは無いようにしなければならないのです。
それ以外の部分は、防音用途と考えてもいいかもしません。シビアに考えなくとも、良い気がします。（最低限の注意は払って・・・）

>質問?AとＢ併せて耐震に影響無いでしょうか？
>質問?大工さんが何故このような施工をされたのか
>もしお判りになりそうでしたら教えていただけますか？

まず、「切り欠き」部分になにがしかの木組が組み込まれる・・・とは限らないことは、ご理解ください。
この物件もそうだと思われますが、最近は大工さん自らが「墨付け」し、「切り込み」、「建て込み」するケースは激減しています。
「プレカット」と言って、工場でコンピューターに入力された通りのモノを加工してきます。精度のばらつき（人の手より）は少ないのでしょうが、入力しているのは、現場の大工さんではないし、ＣＡＤのプロですが建築のプロとは限りません。
で、必要な「継ぎ手・仕口」はもちろん、それ以外の切り欠き等もその時点で加工してきます。
必ずしも、現場にシンデレラフィットするものではありません。特に取り立てて重要と思われない「取合い」部分は・・・

なんかぐずぐずと言い訳をしているように聞こえるでしょうが、
結局のところ、重要な部位でないようなところには、現場の大工さんと別の意図で作られた切り欠きなどがあるということ、それは、現場の判断で補修・修繕されながら、作業が進むものということです。

例として２枚目の写真の９０度のずれは、「間柱」の方向、間仕切りの施工の間での考え方、施工方法のずれ、違いです。
さらに言えば、「間柱」自体は「主要な構造体」には含まれません。それに対して過剰に問題提起する必要性は無いということでお考え下さい。

ご指摘の箇所に関しては、現場では欠き込まれたものを無視して、別の考え方での「下地組立」が行われているのです。
致命的な問題はありません。

間柱の施工に関してなので、耐震に対しては全く影響がないと思います。

A.柱に対して、窓や建具を受ける横向きの下地材を「窓台」「まぐさ」などと呼びますが、柱にまぐさ欠きを必ずしなくてはいけないわけではありません。まぐさを固定できればいいわけですから、柱にさらに下地材を打ってそこに留めつけるという方法でも施工ができます。お写真は後者の施工になっているようです。なんで大工さんがこうしたのか？っていうのは想像になりますが、左側に分厚い合板が貼られておりますね。こうした諸状況により後から入らなくなってしまい、短く切って後者の施工方法に現場で買えたのでしょうね。１枚目の写真に1734と書いてあるのが元々プレカットされたまぐさの長さです。

B.はプレカットの伏せ方(どこからどこに梁をかけていくかの組み方)が少し変わっているなと思います。浴室の入り口ならまぐさの真上に並行で一本の梁がかかっていれば普通の納め方でいけますが、大きな梁が直行していますね。構造上の問題か、配管などの理由でこのような向きになったのでしょうね。

あり得るお話ですし、不具合などはないように感じます。