>この天窓を無しにすることは出来ないでしょうか。

必ずしも。ではありますが、ほぼ、「無理」と考えます。
「一旦建築確認したものを変更できないと言われて拒否されています。」
ということは、単純な意匠の変更ではなく、「変更」ができないのでしょう。
確認的にこの天窓が重要な意味があるということであろうと推測できます。
一番最初に考えられるのは、
この窓のある「居室」の採光面積が足りなくなる。ことでしょう。
単純に立面的な窓の面積だけでなく、隣地との関係性においても、窓の有効面積が取れない場合もあり、天窓が重要な意味を持つのだろうと思われます。

>諸契約の後に立面図が提示されたと聞いて

おそらくですが、契約時には確認申請に提出する図面ができていなかった？
あるいは、契約後に確認申請に及んだのでしょう。通常にあることでなんの不思議もありません。
ここからが、通常とは違った。
確認申請の段階で、最高不足の指摘があった。あるいは提出前に発覚した。
という流れであろうと考えられます。

推測通りのことであれば、
間取りの変更、使用する窓の再検討・変更・・・など、確実にではなくとも、莫大な時間と手間を必要とすると考えます。

もちろん、ただ、デザイン上の物ということであれば、何とかなる可能性は高いでしょうけど・・・。
私自身も、あまり「天窓」を進んで使用いたいとは思ってはいないのですが、「致し方ない」場合も当然あります。
今回は、最終的には「天窓」特有の注意点がありますので、それに十分な配慮することかと思います。

>居室ではなくて、納戸として用途変更の申請は難しいのでしょうか？

平面プランを確認しておりませんので、ジャッジは不可能ですが、
誰がどう見ても・・・という状況をひっくり返すことは不可能としても、
納戸として、つじつまが合えば、「通る」可能性は否定はしません。
もちろん肯定もしませんし、お勧めもしません。否定はできない？だけです。

>物件チラシでは正面からの絵しかなく、全くわかりませんでした。

その点では会社側に過失があると思うのですが…
あなたをだます気で・・・やったわけではないでしょうし、
あなたが気になさるだけで、大多数が問題点としてピックアップする件ではないと、私個人は認識します。
主張はできるでしょうが、「通る」？かどうかは、未知数でしょうし、ほぼほぼ・・・と、思います。（あくまで私感です）