>側面に貼った角波 750に丸い凸が多数発生しています。

あくまでも可能性？原因の一つ？ということで・・・
鋼板のというより「鉄」の熱による膨張・収縮の関連ではないでしょうか？
具体的に何か？ということではなく、このあたりの熱環境、製造時のゆがみ、施工時の力加減とか・・・複合的な力によりなったものではないか？と考えます。「見た目」的には「表面の熱によるゆがみ」の可能性です。
当初、タイトルを見たときは内側から「釘のあたま」とか下地の端とかの飛び出しを疑ったんですが、見た目が違いますね。
対策的に、思い当たることはあまりないです。
季節が変わっても同じ？か、年間を通じて同じなのか？それにより原因と対策は違ってくると考えます。

>メーカーの保証で交換等はできるのでしょうか

おそらくですが、メーカーではなにがしかの要因を提示するでしょう。が、メーカーの不備は認めない公算が強いと思います。
私感で言わせてもらうと、再施工をしても根本的な状況は大きく変わらないと考えます。そもそもの部材の性格に基づくものと考えます。