お話を聞き、写真で推測できる・・限り。という前提で・・

>『プレカット時に100間違えて加工してしまった。

通常は「モジュール」から外れることは、設計者、制作者双方で「チェック」されるはずだと思うんですが？
どちらも気づかなかったんですかね？

>基礎に乗りアンカーボルトで固定できるよう、100幅を広げた土台に現地で入れ替える。
>一部の土台の継ぎ目が基礎に乗らない事

どういうことをするのか？断定できないのですが、いずれにしても、写真で見える部分だけで言う限りは(遠くの見えないところはわからない）それで大きな問題は見受けられないと思います。
「下に基礎の無い状態で、「柱」がある。」部分が無いように、です。これを確認してみてください。
ちなみに「間柱」と呼ばれる壁の下地の用途のものは、問題ありません。
もし「柱」の下に「基礎」がない場合は、小手先のことでは無く、基礎の増設が必要となると考えられます。

>２階の梁等同じ状況になっている最悪の状況もあり得そうで心配です。

二階の荷重は、柱を通じて一階の土台にかかります。
前のところで言ったように、柱の下に基礎があれば、それ以上に心配するには及びません。

一番最初にやることは、しっかり図面を見て、「基礎が間違えているのか」「プレカットが間違えているのか」を確認することです。その上で、工期との相談もあることだと思いますが、基礎を治す場合、工程が結構戻ります。上棟なども日程が決まっているでしょうからそこまでの確認を早急に行うべきです。こうなっていればいい、ああなっていればいいはその後に工程と合わせて行う議論です。

写真で見る限り、又３の通りが4,550の長さで間違えています。今は構造計算もされているでしょうから、柱だけでなく、この通りに耐力壁はないでしょうか？耐力壁があればこの基礎の上には通して土台を敷きたいところです。
柱のほぞが見えないのでピン工法か何かなのですかね。
プレカットのミスであれば、又３通りの土台をプレカットし直して、それをかける仕口は現場で手加工になってしまいますが、それにかかる土台と大引きが約８本、１日で直せますよ。その判断をいち早く監督ができるかどうかですね。左側の大引きをやり直すのが大変であれば、間違えた土台に右側にもういっぽん土台を作り直して右側にささる大引きだけ短くすればいいだけです。慌てず計画して実行すれば良いだけと思います。

まずは何が正解かの確認です！