「床面積」「延べ床面積」の計算ですが、
単純に「縦」かける「横」で計算が可能な部分と、そうはいかない部分があることは、ご理解できますでしょうか？
また、部屋や空間の認識の違い、認識の違いで、面積としての数値は変わります。
風除室を床面積として考えるか？形状により「外」なのか「内」なのか？微妙な場合もあります。
あくまでも「芯から芯」で計算しますが、モデュールが「１８２０」と「１８００」とでは変わりますし、(今時、無いかもしれませんが）純粋に「尺」でモデュールを決めた場合は、「約１８１８」です。
それぞれで、コンマいくつかの誤差は出ます。
今回のご相談の「０．３ｍ２」程度の差は、計算上の誤差、あるいは「錯誤」の範疇と考えます。

>cの箇所（黄色）は足したらだめだったのに足して計算してしまっていた。

この範囲が具体的に何の部分下に寄るのですが、
法規の誤解釈？解釈上の錯誤？。。。これだけでは、ジャッジはできません。

>ここまで細かく知らなくていいものでしょうか？ノイローゼになりそうです。

詳細がわからないので、なんとも言えないのですが、
これによる、実際の影響は？それによると思うのですが？？？？
お役所に対する申請関連のことだと仮定すると、「錯誤」の一言ですむ気がしますし、登記・税制の問題にも、あえてするというほどのことでは無いと考えます。
あくまでも、詳細が不明ですので、思ったよりも重要な問題である可能性が「皆無」とは断言できませんが・・・・。