問題は無いでしょう。
と、言うことでよろしいでしょうか？

透湿防水シートですが、これだけの状態のままで置かれる時間は、短いでしょう。通常であれば。
この上には、通気層胴縁、外壁材(サイディング？）が張られることでしょう。
このタッカーの針の役目は、それまでの固定に過ぎません。
もちろん、美観的には「気になる」でしょうし、その状態が多ければ、さらに気になるでしょう。けどね。