>>構造体に問題ないレベルでしょうか？
>>補修が必要なら今から何か、する方法はありますか？

どちらも設計者か構造設計者にしかわかりません。

ぼくならですが、配線一本くらいの穴ならどうしてもの場合はいいかなって思っちゃいますが、この大きさだと、構造設計者にしか判断がつきません。梁のどの位置にどう力がかかるかなど計算がありますし、構造計算をしていない場合の、躯体の穴あけルールなどを定めている会社もありますが、それも何か根拠がはっきりとあるわけではありません。