>なんでこのような隙間ができますか？

これで良いとか、当たり前とかは、いいませんが、
ある程度は、大工さんのスキルの問題ではあります。
サッシを納めるために、上下左右には、木枠が必須です。
これの寸法で、
サッシは工業製品ですし、比較的厳密な精度にて製品ができあがっています。
いかんせん「木枠」はそうはいきません。現場会わせの世界です。
例えば、900mmというサッシを納めるために、900にした枠では絶対に入りません。そこには、施工方法によりますが、数ミリのクリアランスが無ければいけないのです。
その後の工程も考慮して、多めにする場合もありますし、たたき入れる感じで少ない場合もあります。
床仕上げの前に通常はサッシを取り付けますので、「床材の仕上げ厚」も含めて、クリアランスを決めることにもなります。
それらの要素が絡み合って、数ミリのクリアのしわ寄せがここに来たのでしょう。
結果として、サッシの内枠が、床仕上げよりも数ミリ高かった。ということですね。

>これはふつうなおしてもらうレベルですか？

私ならば、お客様にお詫びはしますが、あえて「直す」動きは取りません。
指にとげが刺さった。とげは抜いて、傷テープで十分です。
それに対し、手術室を用意し、全身麻酔し・・・なんて、しませんよね。
強いてすることと言えば、コーキングを充填して、目立たなくすることでしょう。
「直す」為には、莫大な材料と手間がかかることが予想されますし、何よりせっかくの部材がほとんど無駄になります。

>また突板ですがこれは模様ですか？傷ですか？

現場を実際に見たわけでは無いので、不確実ですが、もう用では無いように見えます。が、工場での製品化の途上での傷？であり、これを含めての「模様」といえないわけではない、模様と言い切っても良いレベルと見ました。