あくまでも個人的な感想に終始するかもしれません。

>?石膏ボード間の段差が多い

確かに、もう少しなんとか・・・という感じですが？
下地の関係などで、致し方なかった？のかもしれません。
もし、まだ間に合うのならば、（再度、施工の手直しなどのチャンスがある？）
ボードの継ぎ目を「Ｖカット」することで、後工程のパテ掛けがしやすいし、目立ちにくい？と思います。

>?床面から浮いた石膏ボードと扉枠

普通であれば、床と壁との取り合いは、「巾木」などの見切り材が施工されるはずと考えられます。業者との確認が必要ではないでしょうか？

>石膏ボードと扉枠の隙間

必ずしも？ですが、あえて、この程度の隙間を開けている可能性もあります。
壁が動いた。とか壁が多少伸びチジミをした。とか、枠を変形させる可能性があり、それを避けた可能性もありますし、この程度であれば、クロス施工時に吸収できる誤差と感じます。

>天井の壁紙の下地処理

パテ掛け時のスキルの差もあるとは言えますが、
光の加減で目立つ凹凸は、実際あります。
また、クロスの種類により、下地の影響を受けやすいモノもあります。
リフォームなどで貼り替えであれば、出にくいモノを選定して使うことが多いのですが？
何よりクロス屋さんが、意見しませんでしたか？

>清掃処理

実際に、養生を完璧にしたつもりでも、ほこりは舞っています。
清掃を始めて、その微細なほこりを気にするなら、家一軒すべてを本格的に掃除が必要になるでしょう。
通常は、どの程度かはともかくも、「拭き掃除」レベルでは、細かなほこりの類いは発見されると考えます。詳細は現状を見なければコメントは無理ですが、金額から行って、私なら納得できるかもしれません。

>>石膏ボード間の段差が多い

剥がさなかった既存のボードと新しく貼ったボードの段差ですね。普通は段差のないように施工します。ボードの厚みを間違えたまま貼った可能性は少ないと思いますが、ビスを打った箇所も爆裂しているように見えるので、下地に段差があったり何か出っ張りや異物が挟まったままボードを施工した可能性があります。

>>床面から浮いた石膏ボードと扉枠

天井周りに周り縁などの見切り材がないと、上をくっつけるのが優先になるので下は隙間が開きがちです。もちろん上下ともに隙間なく施工することも可能ですが、一般的には下には刃牙という見切り材をつけるのでそこを許容するのは一般的かと思います。
今回、一部の工事をしたようなのですが、他のお部屋などは巾木はどうなっているでしょうか？木巾木がついているなら今回の大工工事で同じ木巾木をつけるべきでしょうし、ソフト巾木といって薄い巾木が付いているならそれはクロス工事の後に内装工事として施工するのが一般的です。

>>石膏ボードと扉枠の隙間

埋めるとしたらクロス工事でパテ埋めですね。基本はパテ埋めしなくていいように隙間なく施工します。

>>天井の壁紙の下地処理

ご自分でクロスをやるのであればわかると思うのですが、パテを打って固まったらしごいて、クロスを張る。この工程を丁寧な時はパテ、シゴキ、パテシゴキを2-3回繰り返して平滑にしてからクロスを貼ります。しかし、工事面積が少ないと、バテ待ちが待ちきれなくなる場合があります。そうするとクロスを張る際にパテが乾いてなかったりしてこうなります。

>>清掃処理

その額ならば場合により、きれいな新築を一棟、一通りきれいにできます。大工さんとかじゃなくて、クリーニング業者を日を選ばなきゃ呼べます。クレーム言っていいと思いますが、自分でした後の根交渉で使うんだとしたら印象が悪いかもしれません。
プロの清掃業者でも巾木の段差の上などに埃が積もってることはあります。そういう場合ぼくだったらもう一度来てもらいます。
工事のあとに大工がついでに清掃して行っただけで汚いのなら高すぎます。