>土台と基礎のズレ

この状態がどれほどの「問題」か？
この情報だけでは、ジャッジは勘弁いただきたいと考えました。
もちろん、「ずれ」は問題が皆無では無いでしょう。
その上に来る構造体、つまり、柱、梁などの「荷重」が、どこまで影響しているのか？上から下の力だけで無く、基礎と土台の緊結(繋ぎ、固定）の状態、数などによる「引き抜き」に対する検討・・・などなど、確認が必要と考えます。
難しいことを言っているわけですが・・・・
要するに、現場で全体を見て、トータルで影響を確認したいと言うことです。
「インスペクター」としてこられた方は、その立場的にはそれを「客観的に報告」はするけども、「どうすべき」とか、「こうしましょう」とは、言わないでしょう。
が、実際に見た方に立場を変えて、「建築士、技能士」として又は「施工業者」として、交渉、相談をお願いすることも、一つの選択肢と考えます。
あるいは、別に「施工業者」を選び、現場を確認、修繕等の相談をすることをおすすめします。

あくまでも「私感」に終始する限り、
私は、致命的なほどの問題点を感じません。この写真で見る限りは。
極端なご心配には及ばない。という感じでしょうか？
ただ、許容範囲とするためには、見えていないところで、どうなっているかを確認して安心したいだけですね。

構造計算や、壁量・N地の検討をどこまでやっているかと、それ以外だと設計者の判断になってくるかと思いますが、個人的にどこが気になるかでいうと下記のようになります。

一つ目は柱がきちんと基礎の上にのっているかどうか？これは通常検査で引っかかります。ただ、該当箇所があったとしても半分以上は基礎にとっているでしょうから、あまり大きな問題にはならなそうかなと。

二つ目は耐力壁です。この土台上に耐力壁があった場合、アンカーボルトにて土台や柱が基礎に緊結されていないとうまく効果が出ないと思うので、インスペクターさんが言っている通りアンカーボルトの施工状況は確認したいところです。

三つ目は柱の引き抜きです。この土台上にホールダウン金物を要する柱があった場合に基礎と柱がアンカーボルトによってきちんと緊結されているかは重要ポイントです。

このへんを施工写真などできちんと確認したいところです。土台式などの時に大工が監督にこの件は伝えると思うので、そのような写真がもしなければちょっと不安ですね。