>>１．2001年木造建築後、2026年、不同沈下疑い。

まずはじめに症状にもよりますが、その症状の原因究明が必要と思います。原因によって責任の所在を確認できます。ただ25年ということもあり施工者による無償対応は厳しいのかなと思いました。

>>２．当時のSWS結果保存なく施工会社にて再SWS実施。

地盤調査結果は地盤調査会社に聞けばある程度保存されている可能性が高いんじゃないかなと思いました。1番は施工会社が間違いなく、お施主様に手渡すということが確実な保存方法と思います。

>>３．柱状改良（4mの）以上の深さ（5.25ｍ）にまで４カ所中２カ所で自沈層と判明。

これはあくまで当時の調査結果に対してどう設計をしたかが問題なのであって、再調査と施工内容を比較するのはナンセンスと思います。参考にはなるかもしれないですが。

>>４．常識的に施工不良？ではないのかと

施工不良かどうかを証明したい場合、それはとても難しいと思います。25年前だと地盤に対しての考え方も今とは違うでしょうから、幸い、施工業者の対応は良心的で誠意あると思います。「誰が悪い」とかではなくて、「原因はどうでどう対処できるのか」という目線で協議を重ねていくのが良いと思います。