>住宅底版から立ち上がりのコンクリートの厚さが、その上に打ち継ぎされたコンクリートの厚さより狭くなっています

いまいち状況がピンときません。
基礎の「ベース部分」と、「布基礎」部分とは、自ずから巾は違います。
逆Ｔの字になります。
布基礎の(住宅基礎ではなおさら）下部と上部で巾を変える設計施工も、聞き及びません。
開口部、玄関ドアの取付などの関連で、一部分であれば最上部の巾が狭くなるなどのことは、各現場の裁量の範疇で、普通に行われていますが・・・
どの部分を指しておられるのか？再度の投稿をお待ちします。

>差し筋でオーバーハング部とつなぐように変更されました

オーバーハングの部位、大きさ、その部分のコンクリ厚などの確認が必要と考えます。白黒を付けるのであれば、その後に「建築士会」などに相談を持ちかけ、詳細な「構造計算」を経る必要があると考えられます。
ここからは私感ですが、
住宅の規模の基礎で、オーバーハングに「差筋」で、目に見える問題が出る可能性は低いと考えます。
鉄筋を一体にする。ということでのメリット・デメリットと差筋で代用するメリット・デメリットのシーソーですね。住宅程度の基礎であれば、後者のメリットが大きく、前者のデメリットを嫌ったんだと考えます。
設計上、図面上、本当に鉄筋の一体化を重視したのであれば、それが相当な重要性を持って、説明・指示されるモノと考えられ、現場で「通常」の状態で行われていることは、逆に考えられないかもしれません。

>この穴はどのようにして、補修していただくことがよいのでしょうか。

差筋周辺の不要な穴による問題点は大きくは無いと考えられます。
通常であれば、ガムテープなどで穴を塞ぎ、脱型後は地盤上であっても、モルタル補修で終了します。
「気に病む」素性のモノではありません。