一連の件、順番に私見を述べさせていただくと、

基礎立上がりの厚みが打設回によって違う。っていうのは大事なのは「違いではなく」図面どおりかどうかということになります。強度に対してどのくらいの厚みが必要なのかと鉄筋かぶり厚さです。後者の方が大事だと思います。それが設計に満たない場合、それで大丈夫なのかどうか設計監理者の判断が必要だと思います。合わせて、施工者は10年間の補償義務があるので、その辺にこれでいいのか？監督ではなく、施工者です。

オーバーハング部分の差し筋はぼく的にはアウトです。オーバーハング部分は差し筋じゃ持たないと思います。これも差し筋でいいかどうか？設計者の判断ですね。仮に設計者が差し筋でも良いということなら図面をそう書き換える必要があると思います。難しい形なので、打設回数が増えるのは仕方のないことですが、鉄筋は一体で書かれていれば一体です。もし継ぐ場合は箇所にもよりますが原則として鉄筋径の40倍の重ね継ぎ手が必要です。D16なら64cmです。瑕疵担保責任保険の配筋検査も通らないと思います。
穴は補修で良いと思います。

住宅内の玄関部分と勝手口部分ならびにオーバーハング部てんたんの仕上げがコテ押さえ。という件。特に大きな問題はないと思うのですが、天端は木の土台が乗ると思うので、できればレベラーの方が良いです。土台がきちんと乗れば問題ありません。オーバーハング部分が別打ちになってしまったため、先に打った立上がり部分を先にレベら施工したので、そこだけレベラーを流すのが手間だったのでしょう。
玄関、勝手口部分はタイルなどの下地と思いますので、特にそれで問題ありません。

レベラーについても問題なさそうです。正直なところ上手い下手があり、流すだけで一発で決まる基礎屋さんもいれば、初めから最後にけずるアタマで施工する基礎屋さんもいます。前者の方がいいに決まってますが、高さの測り方次第でその精度は変わりますので、一番大事なのは、強度というよりも高さの正確性ですね。この上に土台が乗って建物の精度に関わってきますので。できるだけ水平になっていた方が良いです。プラスマイナス２ミリなら問題ないんじゃないでしょうか。