排水のさや菅方式は、基本的に１階の床下に排水管を施行する際に行うことが多いのですが、一般的な排水箇所においての説明だったのではと思いました。その玄関手洗いシンクが床下のない玄関土間に置かれるものだとすると、床下がなくそのまま排水の立ち上がりが玄関土間に現れてきてしまいます。なので、壁排水にすることが望ましいと現場で判断したのかもしれません。その方が床面に排水が出てきませんし、床排水ですと基礎工事の段階で精密な位置や寸法が必要になってきますが、壁排水であれば上棟後にきちんと床などがある状態で位置出しができ施工精度が上がります。
問題はこれをきちんと事前にお施主様に説明できれば良いのですが、ここまでの配管経路を理解して設計できる建築士も多くなく、現場の方が現場を進めながらそれをお客様に相談しながら進めていくことの難しさが今回の原因と思います。
あ、きちんと床などがある部分にシンクがつくのであれば、施工忘れの可能性もございますが・・・。

ガス管をさや間で施工するっていうのはみたことがありません。基礎にスリーブを設けて宅内（床下）に入れるか、外壁面から宅内に入れるかだと思います。

>水道管、排水管、ガス管は、地中に埋設するので、外部には露出しない

技術的には可能です。ただ、住宅の床下空間が最低でも地中より高いところにありますので、配管を宅内に取り込む際に、どうしても地中で納めようとすると、基礎すら部内へたくさんの配管を通さなくてはならなくなり、基礎のコンクリートを打てる部分が減ってしまいます。そうなるのであれば、基礎スラブよりも上（地上）で宅内に取り込むのが今は主流と思います。
昔は全て地中で行なう現場も多くありましたが、住宅瑕疵担保責任、長期優良住宅など、新しいルールや法律が増えていく中でより安全な工事が行われるようになってからはそういった現場も減ったいったと思います。

「〜と伺っていたがそうじゃなかった」現場担当でなく打ち合わせを担当する方が、どこまで現場を細かく理解して、お客様へご説明できるかという問題だと思います。