あくまでも私の私感と言うことで、ご容赦願います。

>目地を少し避けて打ち直した場合、経年でサイディングが割れる可能性が高い。その方がリスクが大きい

この話は、キット私もすると思います。
確かに「エビデンスはないが、・・・・雨漏りの原因となったことはない」
私も今までいろいろとみてきましたが、実は明確に「今回のような施工が、原因です」と言うことは、有りませんでした。
もちろん、それに近いことは、いくつもあります。
ただ、それが「主たる」原因とは特定できず、いくつかの他の部分・要因のうちの一つ。
とか、
あまりに長期の、「必要なメンテナンスがされず」に、数多くの事象があった中の一つになった。
等の、決してこういう施工を「諸悪の根源」と扱うことは無理だろうな？ということだけなのです。
正直言って、「メーカーの」マニュアルはメーカーの立場での主張。と読める部分もままあり、現場を無視したと思えることも、・・・と考えますし・・・(極論ですけどね。）