ちょっと面倒くさいお話になりそうですねぇ。。

まず、その部分(いわゆる地下室っぽいところ)の「所有権」的な位置づけは「管理組合」の所有物(共有部)。よって管理責任は「管理組合」。そして管理組合から委託された「管理会社」ということになります。

次に溜まった水ですが、おそらく地下水(建物周辺若しくは建物直下からの)と思います。とんでもない実害はなかろうと思いますが、実際にプールの上の部屋に住んでいるようなものですから、ｍｉｌｋさんのお宅が、ちょっと湿気っぽいとかの害はあるかもしれません。とはいうものの、その被害を客観的・合理的に説明する事は難しかろうと思います。

おそらく、施工時に配管など工事するためのいわゆる「ダメ穴」(言葉は悪いですが、俗称なので気になさらずに)と称する、作業用の点検口です。よって、設計図にも表記しません。通常は必要無くなればコンクリートで塞ぐのですが、配管作業などが工期の後の方だったのでしょう。結局、コンクリートで塞がず、点検口で塞ぎ「畳の下で目立たないし、後々、誰も気づかないよね。。多分。。テヘペロ」みたいな感じで残したのでしょう。

さて、、、「フザケンナ！！！誰の責任だ！！」とお腹立ちと思いますが、ここからが面倒くさいお話になりそうです。

まず、施工会社の責任ですが、構造上の問題にもなりませんし、施工上必要なので設置したものですから、何か過失がある訳ではありません。ましてや、引き渡し終了後20年以上経過しています。

無論、管理組合にも管理会社にも過失はありません。

喧嘩できそうな相手は、中古住宅として仲介した不動産会社、加えて、前所有者かな？とも思いますが、満足のいく結果にはなりそうもありませんね。

あり得るのは「所有者である管理組合」に、排水処理などの工事(技術的には可能かと思います)を行ってもらう事でしょうが、そもそも、状況を素人集団の管理組合さんが理解できるまでに時間はかかりそうです。
また、仮に排水処置若しくは換気処置をしてもらっても、床下でモーター音がするなどの弊害は発生しそうです。

マンション管理士さんや建築士さんなどに間に入ってもらう事は出来るかもしれませんが、それもまた、費用がかかる事になります。

その費用をかけ、管理組合と交渉し、時間をかけて、労力を費やすよりは、面白くはないお話ですが、ご自身、見なかったことにして、忘れるのが、得策のような気がしますよ。