お気持ちとしては、容認できかねる？のかもしれません。
まず、「ホッチキスの針」ですが、
木材に打たれている、その手の物は大きな影響は及ぼさないと思われます。
気になさるのであれば、（ご自分でなり、金銭負担をされた上で）こまめに抜けば良いのであって、それの「跡」が残ることは通常は無いとされます。実は釘の穴ですらも、時間とともにほぼ埋まり、わからなくなります。
また、屋内の梁に使用されているのであれば、「さび」などの心配もほぼ杞憂でしょう。
納得していただくしか無いと考えますが、
基本的に「見えなくなる」部分と「見える部分」との差は歴然です。
この部材が、将来的に天井裏になる。とか、下地として仕上げ材を張る。など、「表面に見える」状態で無い部材は、通常は、概ね小さな傷は容認されるモノです。
強いて、それを「無傷」にこだわることは、一概には否定はしません。
ただし、それに付随する「費用」は莫大な差になると考えられますし、それによるメリットは「あなたの満足」だけだと思いますよ。

ホチキスの針も傷もどちらも現場ではありうる話ですね。ただ、ホチキスに関してはプレカット工場にもよりますが、今はほとんどの工場がホチキス（タッカ）を使わなくなってきますね。ビニール養生は縛るかバンド留めできます。現場に納入した際の雨養生でブルーシートなどをかける際はタッカを使うこともありますが、なるべく縛りますね。

お写真はタッカ打ちすぎですね。若い監督や職人がたくさん打ったのでしょう。ただ、これは雨に濡れないようにがんばった証なので、そこは多めに見てあげてほしいです。ただ高い買い物ですので、とってほしい旨伝えるのはよいことだと思います。
傷もあり得ることなんですが、このぶつけ方はあまり大っぴらにしないでほしいですよね。お客様に心配をかけないようにすぐに削って整えるか見えないようにしてあげるのがマナーかなと思いました。嫌な気持ちになってしまいますね。