>基礎パッキンは写真のもの　ずれてるようですが許容範囲ですか？

私は許容範囲では？と感じましたが・・・・？
この部分を内部(布基礎を内部から）から見て、「ずれ」により土台の大半が基礎から外れている？とかの状況でもなければ何の心配もいらないと考えます。
というよりも、「おそらく」ですが、土台の巾(約１０ｃｍ）よりも大きなサイズでのパッキン施工になっている可能性を考えます。
それであれば、なおさら問題は皆無と考えられます。

>基礎立ち上がりの化粧モルタルが45から50センチつまりほとんど全面塗られています。

通常の「化粧モルタル」で、何か不安があるのでしょうか？基礎のコンクリートをそれだけで表面を残す、打ちっぱなしという施工もありますが、通常は表面の美観のため「モルタル」を塗る施工がされます。し、「パネコート」などの材料を使い、表面をつるつるの状態にするとか、Ｐコン埋めなどの数々の資材・手間を必要とします。し、一般住宅で普通に聞くことはありませんけど？？