>基礎パッキンは写真のもの　ずれてるようですが許容範囲ですか？

私は許容範囲では？と感じましたが・・・・？
この部分を内部(布基礎を内部から）から見て、「ずれ」により土台の大半が基礎から外れている？とかの状況でもなければ何の心配もいらないと考えます。
というよりも、「おそらく」ですが、土台の巾(約１０ｃｍ）よりも大きなサイズでのパッキン施工になっている可能性を考えます。
それであれば、なおさら問題は皆無と考えられます。

>基礎立ち上がりの化粧モルタルが45から50センチつまりほとんど全面塗られています。

通常の「化粧モルタル」で、何か不安があるのでしょうか？基礎のコンクリートをそれだけで表面を残す、打ちっぱなしという施工もありますが、通常は表面の美観のため「モルタル」を塗る施工がされます。し、「パネコート」などの材料を使い、表面をつるつるの状態にするとか、Ｐコン埋めなどの数々の資材・手間を必要とします。し、一般住宅で普通に聞くことはありませんけど？？

>角のパッキンが手に触れないところがあります。

絶対に入ってますとも、もちろん、言えませんが、
無い可能性の方が、少ないと考えます。
何事も、「優先順位」がありますよね？
施工するにしても、同様です。
まず、最優先の場所へのパッキンが入るでしょう。次に、優先される場所、そして、追加で必要なところ・・・となるでしょう。
そうすれば、角は最優先になると考えられ、無い状態で先に進むことは、考えられませんよね？
一つ、条件、状況が変わるとすれば、
高さをそろえる目的のパッキンの場合、最優先だけど、入れない場所が存在します。
高さの差、「０」の場合です。そこに最低限のモノ(例えば1mmとか）を入れ、すべての高さに1mmを加算する方法も無いわけでは無いですけど、理論上は「0」には入れません。特に「角」は起点にする可能性が高いと考えられます。