おそらく外側は基礎巾木をモルタルにて化粧した後に、入線カバーをつけていると思うのでモルタルで塞がっているんじゃないかなーと思います。どうやり直してほしいんですかね？ガス管の取り出し部分はそのまま配管が出てきてるだけの会社も多いです。

なるほど、モルタルはされていないということなんですね。その状況ですとリスクはゼロではありませんが、シロアリは水を好むので大丈夫なんじゃないかなという要素もあります。この答えを出せるのはそれを保証する施工会社だけです。施工会社に施主手配ガス会社による施工部分からシロアリ被害があった場合の補償内容を聞いて、この部分に何か起きた時にどう対処されるのかを問い合わせる必要があります。