この与えられた情報だけでは満足のゆく解決策をアドバイスする事が難しいと思います。
土地の価格は、その利便性、敷地環境（強度や方角なども含む）などによって設定されます。
本質問の土地がどのような状況で販売されたかも大きな要素なるでしょう。

敷地造成において行政指導に則って施工したかどうかも確認すべきです。
宅地造成には相当に厳しい行政指導があり、通常の造成工事を行えば、沼みたいな水溜まりが敷地に出来る事はとても考え難いのです。

本件は仲介取引業者からの購入と云う事なので、当該業者を通じて土地造成業者への交渉を行うべきです。