>土台敷きは雨の日でないほうがよいからと、現場監督が当初の土台敷き・上棟日を延期していました。

当然の判断でしょう。好き好んでリスクに飛び込む人は居ないでしょう。
しかしながら、「工期」の制限もありますし、天気は「予報」でしかありません。「制御」は出来ません。その辺は、綱渡りもありうる話でしょうね。

>現場監督に確認したところ、１日で終わらなかったのは想定外だったが、ひどく濡れた床断熱材は予備のものと交換しているし、また、今後送風機で乾かすので問題ないと言われました。
>床断熱材はフェノールフォームで、メーカーHPには「製品の劣化や収縮など性能に影響を与える恐れがあるため、そのままのご使用はお控えください」と書いてありますので、交換していただいた方がよいのでしょうか。

正直な話は、「綿状」・・※※ウールと呼ばれる物は、濡れづらい加工はされていますが、やはり水には弱いのです。
フェノールフォーム・ポリスチレンフォーム・ウレタンフォームなどの製品は、比較的「水を吸い込む」と言うことは少ないとされています。「ゼロ」ではないですが・・・、当然、メーカーは最大値の安全施工をアピールします。
「水」というより「湿気」として含まれ、それの割合が上下するという考えでいかがでしょうか？
当然、雨後の処理も乾燥手段も、「綿状」の物とは、違うと考えても良いのでは無いでしょうか？
乾燥機、送風機での乾燥は、十分な結果を得ることが出来るでしょう。おそらく・・・
業者とはよく相談が必要ではありますが、それほどの繊細な感覚は必要ないと考えます。

雨の中、土台敷きや上棟をするのはそれはよくないので、ぼくたちは死ぬほど考えて工程を組みます。胃に穴が空くほど悩んで天気予報とも何度も相談します。特に上棟する時期に関しては、大工や材料の搬入、レッカーや道路使用の届出、警備員など、順延すればすんなり2日延期ね、では済まないので、そのすべての条件が揃う日程を再度作り直します。そう簡単ではないのですが、今月はほんとやばいですよね！！天気予報が当てになりません。そんな時にどうしても雨の中の作業になってしまうこともあります。大きく天気が落ち着くまでヘタすれば２週間ほど延期するのか、、やってしまうのか、、、その判断を迫られるんですよ〜！

そして今回は、やっちゃおう！っていう方向になったのだと思います。その際に大事なのが「問題はないのか？」ということになります。普通に問題があるからはじめは延期したのでしょう。ただ、今月ばかりはそうして延期していくといつまで経っても進みません。どこかで進める決断をしないといけない。そこでのちのファンなどの手間はかかっても進めようってなったのだと思います。

ぼく的に心配な点は、ネオマは比較的雨に濡れても乾かせるので、きちんと乾かすこと。ほんとは乾かしてから施工したいですができませんでした。ファンであれば下側からだけですが乾かせるので、厚みにもよりますがどれだけ早く乾かすかです。乾かすのが遅いとかびてしまいます。あと上側の合板をどれだけ濡れずに濡れても早く乾かすか？この二つがポイントです。合板はぼくはよく透湿防水シートで養生します。そうすると雨を少し守って、やんだら乾きやすいです。あと最後に心配なのは、その間の部分ですね。雨の中で断熱材と合板を施工したとすると、その間がびしょびしょです。ここは風が当たりにくく乾きにくいので、ネオマと合板双方の透湿性が乾きやすさにつながりますが、どちらも透湿抵抗値は高めなので、その隙間が乾いているかどうかは、躯体検査前後くらいに穴を開けてかびてないか確かめたいですね。