蟻道の件に付いては,福地さんの回答の通りです。
これは多分考え過ぎだと思いますが,お住まいが愛知県ということで,外気の湿度がかなり高いということはないでしょうか。
この場合,稀なケースではありますが,ベタ基礎に結露が発生して,それが水溜まりになることがあります。
この場合は,一部,水抜きを設けておく方が良い場合もあります。
(種々の条件によって一概には言えないのですが。)
蟻道との絡みで考えますと,シロアリを通さない,ステンレス製の目の細かい網がありますので,モルタルを流す代りに,これで処理することも考えられます。
これなら,シロアリを防いで,水を排出してくれると思います。
そのような意図があって,砂地にされているのかどうか分かりませんが,万一ということで,工務店と相談なさってみて下さい。

結露の心配が無ければ,モルタルで十分だと思いますが,工務店と相談なさってみて下さい。

湿気対策の面は,面積から考えてさほど心配は要らないと思います。
後のメンテナンスということであれば,隙間の無い蓋をステンレス板などで加工して設置するとか,先に述べたステンレスメッシュを施工するとか,対策はあるように思います。
ただ,費用と手間は掛かります。
また,定期的に観察できるのであれば,穴はそのままにしておいて,蟻道ができ始めてから対策を取ることも考えられます。
蟻道が必ずできるというものでもありませんので,そのままでも大丈夫かもしれません。
その土地土地のノウハウがあると思いますので,基本的に工務店を信頼されていいように思います。