ご心配、お考えは、もっともです。

　でも、私が考えるところでは、
　たいへん良心的な会社ではないでしょうか？
このような場合は、そこまでしない可能性もあります。　
逆に、ここまでできるのですから、しっかりした会社（考え方も、経営的にも）と、考えられるかもしれません。

　基礎の東西、北南　反転ですが、それほどあり得ないことでもありません。
　ちょっとしたことで、あり得ます。また、ちょっとしたことで、防げることなんですけどね。
　
　地盤、構造的なことでは、相当な何かがなかったら、再度の基礎は問題ないと考えます。
　金銭的なことを言えば、そこで（基礎の段階で）見つかってよかったかもしれません。基礎くらい？（お客様の気持ちでは、？　でしょうが）の出費で、悪い噂、悪い評判が立つくらいなら、もう一回やるくらい。の感覚だと思います。
それで、施工に手を抜くようなら、「再度、基礎からやらせてください」なんて言わない。のが、職人？だと思いたいですね。

　なお、業者の経営的な「体力、持久力」などは、「経審」を、調べれば他人でも、ある程度はわかります。参考に確認してみたら、いいと思います。
　見栄で、「やり直し」を提案した訳でなければ、安心してまかせたら、いいと思いますよ。

　「アクション」ですか？
　まず、「経営審査」・・・「経審（けいしん）」など、業者の「経営の規模、安定性、将来性」を調べる、他人の噂を聞く？ことで、安心してまかせいいかどうか、判断するといいでしょう。
　次は、現場で「職人さん」たちの状況を見て、いやいや、やってるようならともかく、通常通りなら、問題ないです。
　業者に対する「サービス」ですが、「泣きっ面に蜂」的なことは、業者の立場で言えば、悪い感情は出ても、よい方には、働かないと思います。
　心配されているとおり「さらなる負担」ですが、それ以上に「気持ち」に悪い感じです。
　
　多少の「皮肉」など、甘んじて受けると思いますので、
各種現場管理に、留意をするように強めに言って、あとはまかせることがいいと思います。何度か、ご自分で確認して、各下請け」業者が、嫌々やっていたり、不平たらたらやってないようであれば、彼らに「無理」をかけてるわけでもないでしょうから、長い目で見てあげてください。